氨氮和总磷是水体富营养化的另一个主要因素。氮磷超标后，水体就会出现富营养化现象，藻类的迅速繁殖将降低水的质量。有机污染物过多，超过河道湖泊的自净化能力后，导致水体发黑发臭，而在河道中未能完全去除的氨氮和总磷则汇入滇池，使滇池水体中的氮、磷过多，同时昆明的气候较为温暖，且日照较长，这就为藻类生长创造非常好的环境。由于人类活动的加剧，生产力水平的提高，产生的污染物大幅增加，导致自然生态净化已不能满足需要，大量污染物来不及分解去除，使滇池的水体出现严重的富营养化污染，因此采用高效的净化手段，迅速将污染物在污水厂或河道内就基本分解，不再使污染物流入滇池是使滇池恢复清澈的必然趋势。
科亮公司和云南省环科院认真贯彻国家关于环境保护工作的方针和政策，在昆明市总体规划的指导下，使工程建设与城市的发展相协调，既保护环境，又最大限度地发挥工程效益。采用可靠的治理工艺，有成功的工程经验可借鉴，能够抵御自然水体很少发生的环境灾害和自然灾变。
积极稳妥地采用国内外先进的治污处理技术，选用高效节能的污水处理工艺，主要是因地制宜的采用现代化生态治理技术，提高管理水平，在保证治理效果的前提下，做到投资省、运行费用低、技术可靠和运行稳定。
三、 具体治理方法与效果
利用科亮生物带上丰富的微生物菌群降解水体中的有机污染物，使水体恢复健康，并将污水处理和人文景观一体化建设结合起来，强调水体治理与周边设计的协调与统一，生物带和曝气设备（采用微孔曝气管，放置于水下，不影响河道景观）隐蔽放置，不影响总体河道的区域景观效果，实现污水处理的“零占地”。注重选用优质设备和材料，坚持技术的科学性和可操作性，保证设计功能的长期有效性。同时注意做好噪声、恶臭防治，废弃物统一收集处置或利用，避免二次污染。保证项目的实施不影响新运粮河雨季泄洪要求，保证设计功能的长期有效性。
